方承天带着水军，离开了竟陵，又跟到了黄巢大军后方。
如今找到了裴思诗，方承天总算松了口气，今后的主要任务就是调查清楚杀害师父的真凶，为师父报仇了。
黄巢非常苦恼，他虽然以假王仙芝控制住了整支草军，却仍然无法收服一些将领的心。
而且个别将领似乎还对这个假王仙芝起了疑心，开始暗中调查。
这件事，自然是方承天的计谋，是他让朱温在草军中散播的谣言。
谣言越传越广，黄巢终于忍不住，决定提前对假王仙芝动手了。
他秘密召来尚让，说道：“尚将军，现在时不待我，本将军必须提前发动计划，立刻让王仙芝给朝廷写降表送往邓州，然后暗中通知宋威他们是诈降……”
尚让双目一张，略显激动道：“大将军准备除掉那假货了吗？”
黄巢摇了摇头，目光移向远方：“本将军是想除掉尚君长。”
尚让眉头一紧，咬了咬牙，没有说话。
黄巢瞥了他一眼，淡淡地道：“你不忍心？”
尚让轻叹了口气：“我哥他不愿降服大将军，这是他自找的，大将军请放心，我会告诉那假货，让他安排我哥去送降书。”
冷风如刀，尚君长带着蔡温球等人，来到了邓州，向招计副使杨复光递上了降表。
杨复光大喜，立刻安排随行，护送他们前往长安。
然而，就在他们快到长安时，突然从密林中冲出一支大军，不管是草军，还是唐军，纷纷杀之。
杨复光派出的随行尽数战死，尚君长、蔡温球被擒，正是招讨使宋威所为。
宋威擒住二人后，斩了二人的换脑袋，然后上书天子，谎称他在颖州作战俘获了草军重要将领。
假王仙芝得到消息后，装作十分愤怒，率兵南下，一路上经历数场大败，将军们对王仙芝渐渐离心离德，士气越来越低。
次年二月，王仙芝所部终于在黄梅被曾元裕包围，所部有五万余人战死，突围中假王仙芝也被黄巢安排在他身边的眼线所杀。
一些仍不服黄巢的将领，带着残军转战江南而尚让则带着余部投靠了黄巢。
至此，草军尽入黄巢掌握之中，众将推他为黄王，号冲天大将军。
这一切，方承天都无法阻止，唯有望而生叹，尾随黄巢大军后方，不断地袭扰。
对此，黄巢十分恼怒，无论他准备攻打某个城池时，似乎那个城池守军都能事前知道一般，导致他十战中至少六战不能建功。
可他却始终抓不住方承天，也找不到奸细是谁，他本想一路打到长安，却因为这些原因，一路辗转反复，败多胜少，降了又反，被唐军逼得一路南下，来到了岭南，大军又染上疾病，若不是方承天以前公开的疾病药方起效，他的大军损失将更惨重。
不过这黄巢也当得起枭雄之称，痛定失痛，领着草军回返荆浙，一路上用尽缓兵、诈降等计，连破数城，势如破竹，终于攻战了他向往已久的洛阳。
黄巢大军日渐强盛，方承天为了保住自己的实力，袭扰次数渐渐减少。
黄巢以洛阳为根本，几日后便进军长安，一路上唐军守将纷纷降于他，声势一时无两，连天子听了传闻，也狼狈逃往了咸阳，他们就这样顺利进入了长安城，翌日即皇帝位，国号“大齐”，建元金统，并大赦天下。
他当了皇帝后，自认天下已落入他手，开始享乐，不思进取，说话也不再像以往那般顾虑，终于有一天，在朱温的酒攻之下，他半醉之间，说出了当年玄尘之死的经过。
原来，玄尘是因为发现了他们建舂磨砦，以百姓血肉为军粮，被其残忍杀害了的。
朱温得知此消息后，第一时间告诉了方承天。
方承天大悲，难怪一直找不到师父的尸体，原来是被那黄巢做成了军粮。
朱温也十分愤怒，对方承天道：“方小神医，我不日便要离开黄巢，回到唐军中了，你接下来准备怎么做？”
方承天咬牙道：“以牙还牙，以血还血。”
很快，朱温反了黄巢，投靠了朝廷，直接让黄巢损失了大部兵力。
而南依霜也在方承天、朱温的帮助下，率领门下弟子，大败武林各派，成为了武林盟主，也杀了假扮玄尘的那个家伙，将他的丑恶嘴脸公诸于众，还了玄尘神医清白。
有了武林各派高手加入，水军数量直接增长到五万余人，方承天又找朱温要了许多军资武器，与唐军李克用合攻长安，黄巢力战不胜，遂连夜撤离长安，一路抢到陈州。
一路上，黄巢再不藏匿，直接将食人作坊建在军营边上，黄巢大军以人肉为军粮的事顿时传遍天下，百姓人人自危，对黄巢的怒意直线上升，守城之心坚决无比，以至于黄巢大军围困陈州数百天，仍不能攻下，只是苦了周边村镇百姓，全都变成了黄巢大军的军粮。
为了防止方承天的水军补唐军误伤，在朱温的协调下，水军全部归入了李克用所部，大败黄巢大军。
黄巢率残兵败将向东北方向逃去，方承天率兵一路追杀到封丘。
这一日，暴雨倾盆，黄巢带着散兵近千人，冒雨东奔兖州，逃到了泰山狼虎谷的襄王村，被方承天大军所围，节节战败，被方承天擒下之时，沙陀博野军赶到了。
方承天担心黄巢被抢，威逼黄巢侄子林言，让他以黄巢兄弟的首级冒充黄巢，向沙陀军投降，而他则绑了黄巢，来到了他师父遇害的地方，将黄巢碎尸万段，为师父报了仇。
大仇得报，他无意官场，数万水军的去留便成了问题。
本来想带着裴思诗和南依霜归隐的方承天，只好带着誓死都要跟着他的众将士，建立了玄药堂，统领武林，传医授典，普济天下。
（全书完）